Amu Hinamori est une écolière très caractérielle qui refoule sa vraie personnalité. Récemment transférée à l'académie Seiyo, son détachement apparent, dû à sa timidité, lui confère auprès de ses camarades une image de rebelle "cool and spicy".
Le soir même chez elle, une célèbre voyante semble s'adresser à elle et lui parle d'ange gardien via une émission de télévision... Intriguée, mais jugeant que les prédictions ne sont qu'une arnaque destinées aux gens crédules, elle décide de l'ignorer. Seule dans sa chambre, elle essaye tout de même de demander à son ange gardien, s'il existe, plus de courage pour assumer sa véritable personnalité. Le lendemain, surgissent de nulle part trois œufs dans son lit : un rose, un bleu et un vert. Amu, intriguée, décide de les emmener avec elle. Arrivée à son école, les "gardiens", un groupe d'élèves très populaire, qui ont pour rôle de protéger les élèves, la remarque. Ils lui apprendront que ces œufs sont ceux des gardiens de sa personnalité (shugo しゅご voulant dire gardien et chara venant de l'anglais character, personnalité) et qu'ils représentent chacun ce qu'elle est réellement. Chaque enfant en possède au moins un ou deux. Mais Amu, elle, en possède trois, ce qui la rend digne d'hériter du légendaire "Humpty Lock". La véritable mission des gardiens consiste à protéger les oeufs et leur porteur. Elle décidera alors d'aider les gardiens à trouver "l'embryon", un œuf magique qui permet de réaliser tous les souhaits, avant qu'une mystérieuse organisation ne mette la main dessus...